Dersom biodrivstoff blir produsert av matvekster som for eksempel mais vil dette kunne føre til økte priser matvarepriser. Økt konkurranse om dyrkbar jord kan også presse opp matvareprisene. Det er knyttet usikkerhet til hvor stor sammenhengen er mellom biodrivstoffproduksjon og økte matvarepriser. Både Verdensbanken og Det internasjonale pengefondet (IMF) hevder at biodrivstoffproduksjon har innvirkning på matpriser, men bare som en av mange faktorer. Høy økonomisk vekst og befolkningsvekst i store land i verden vil gi økt etterspørsel. Andre forhold som påvirker matvareprisene er høyere priser på innsatsfaktorer (energi, kunstgjødsel), subsidiering av matproduksjon i vestlige land og dårlige avlinger for jordbruksprodukter.

Biodrivstoffets påvirkning på matvaresikkerhet vil variere ut fra flere regionale forhold knyttet til den enkelte biodrivstoffproduksjon. For eksempel vil biodrivstoff produsert av matvekster ha større negativ påvirkning på matvaresikkerhet enn produksjon av andregenerasjons biodrivstoff basert på for eksempel trevirke eller avfallsprodukter, hvor konkurransen mellom råstoff til produksjon mat og drivstoff ikke er like sterk.

Økte matvarepriser er heller ikke utelukkende negativt for utviklingsland. Land med nettoeksport vil totalt sett tjene på høyere priser på matvareprodukter. Hvordan denne fortjenesten vil få konsekvenser for landets befolkning avhenger av nasjonale fordelingsmekanismer og eierforhold. Bønder som er nettoprodusenter av mat vil ved økte matvarepriser få bedre betalt for avlingene sine.

Palmeoljeplantasjer, spesielt i Indonesia og Malaysia, har rykte på seg for å fortrenge regnskog i stor skala. Ifølge FNs organisasjon for mat og landbruk (FAO) er kun én prosent av verdensproduksjonen av biodiesel palmeolje. Denne produksjonen er primært rettet inn mot markedet i Asia. I all hovedsak blir biodrivstoff produsert av rapsolje fra EU, mais i USA og sukkerrør i Brasil. Hovedtyngden av etanol- og sukkerproduksjonen i Brasil ligger sør i landet, langt unna regnskogen.

Det er vanskeligere å måle og dokumentere indirekte arealendringer som følge av biodrivstoffproduksjon. Etablering av biodrivstoffproduksjon et sted kan føre til at den tidligere bruken av området ”flytter” til et mer problematisk område, for eksempel en artsrik regnskog. Hvordan produksjonen av råvaren foregår er helt avgjørende for hvilke konsekvenser det får for avskoging.

Bioetanol og biodiesel som produseres av olje-, sukker- eller stivelsesrike jordbruksvekster er såkalt førstegenerasjon biodrivstoff. Fremtidens biodrivstoff, hvor produksjonen forventes å bli basert på celluloseholdig biomasse kalles annengenerasjons biodrivstoff. Slikt biodrivstoff produseres av trevirke/treavfall, halm, ulike typer gressvekster m.m. Man benytter restdelene av plantene til prosessenergi, eller de kan presses til energipellets som kan brukes til varme og/eller kraftvarmeproduksjon. Annengenerasjon biodrivstoff gjør det mulig å utnytte flere og billigere typer råstoff. Denne typen biodrivstoff har både høyere klimagevinst, og bedre drivstoffegenskaper enn dagens biodrivstoff. Utfordringen er at produksjonsprosessene er teknologisk sett langt mer avanserte og dermed mye mer kapitalintensive.

Foreløpig finnes det ingen fullskala kommersielle produksjonsanlegg for annengenerasjons biodrivstoff, men land som Tyskland, Canada og USA har flere års erfaring utprøving av produksjon i mindre skala i pilot- og demoanlegg. I Norge har Borregaard forskere og laboratorier for utvikling av biokjemisk celluloseetanol og planlegger bygging av et pilotanlegg. Weyland i Bergen utvikler biokjemisk celluloseetanol basert på egen patentert sterksyreprosess. Xynergo planlegger å ha et prototypeanlegg for biololje på Hønefoss i produksjon i 2011. Dette vil være et viktig steg i retning på veien mot et fullskalaanlegg for syntetisk biodiesel, som etter planen kan stå ferdig i 2014.

Det er behov for sterke virkemidler for å øke produksjonen av annengenerasjons biodrivstoff i Norge. Virkemidlene vil ha størst effekt dersom de rettes direkte mot produsenter av biodrivstoff. Dette kan være støtte til forskning og utvikling, støtte til produksjonsprosessen, investeringstilskudd eller lånegarantier til pilot- og demonstrasjonsanlegg.

Ulike former for reguleringer fra det offentlige, som omsetningskrav for biodrivstoff som er tilpasset annengenerasjon, kan være et viktig virkemiddel. Det er viktig både med god informasjon om støtteordninger og rask saksbehandlingstid for søknader om støtte.