Det er i første rekke PCB, kvikksølv og bromerte flammehemmere av typen PBDE som vi finner i høye konsentrasjoner i Mjøsa. De årlige miljøgiftundersøkelsene i Mjøsa omfatter også klorerte parafiner (SCCP og MCCP), DDT, polyfluorerte forbindelser (PFC), dioksiner og den bromerte flammehemmeren HBCDD. Vi har også undersøkt både bisfenol A og TBBPA i Mjøsaovervåkingen. Gjennom Klifs screeningprogram (kartlegging av nye miljøgifter) er nivåene av blant annet muskstoffer og fosfororganiske flammehemmere undersøkt. 

Etter at handlingsprogrammet ble iverksatt i 2003 har Klif fått gjennomført årlig overvåking av miljøgifter i fisk og zooplankton. Det er gjennomførte flere undersøkelser om tilførsler av miljøgifter til Mjøsa, både med atmosfærisk langtransport, via elver og kommunale renseanlegg er undersøkt.  Disse undersøkelsene er utført for å kunne vurdere hvor mye av miljøgifttilførslene til innsjøen som er lokale punktutslipp og hvor stor andel som transporteres med luftstrømmene. Sedimentundersøkelser av miljøgifter er utført både for å få en oversikt over fordelingen av miljøgiftene i innsjøen og analyser av sedimentkjerneprøver har fortalt hvordan tilførslene har endret seg de siste 40 årene.

Punktutslippet av bromerte flammehemmere ble stoppet i 2003 og nivået av stoffet i fisk er nå mye lavere enn det var mens utslippet pågikk og ned mot konsentrasjonene før utslippet begynte. PCB og kvikksølv har mer diffus tilførsel til Mjøsa og nivåene av disse miljøgiftene er fortsatt høyt.

Nivå av den bromerte flammehemmeren PBDE i overflatesedimenter i Mjøsa. Størrelsen på sirklene angir nivå. Rødt angir penta-BDE som har hatt lokale utslipp og grønt angir deka-BDE med diffuse tilførsler. Nivået av penta-BDE synker fra Lillehammer og sørover i Mjøsa. Andelen deka-BDE er større sø i Mjøsa. Losna nord for Mjøsa har lave nivåer.