• Kystovervåkingsprogrammet skal bidra til å gi oversikt over miljøtilstanden med henhold til næringssalter og effekter av disse. 
• Programmet skal identifisere fra hvilke områder ulike næringssaltmengder kommer til norskekysten, kartlegge endringer i næringssaltkonsentrasjonene over tid og kartlegge effekter av næringssalter på utviklingen og tilstanden i hard- og bløtbunnssamfunnene. 
• Programmet dokumenterer også det biologiske mangfoldet og eventuelle endringer i dette. 

Kystovervåkingsprogrammet har pågått siden 1990. Kyststrekningen fra svenskegrensen til fylkesgrensen Hordaland - Sogn og Fjordane ble i første omgang prioritert med spesiell fokus på Skagerrak. Stasjonsvalget ble foretatt med sikte på å følge bevegelsene i kystvannet langs den ytre kystlinjen, og at de skulle fungere som en referanse for fjordovervåking og lokale undersøkelser. Fra 2000-2004 dekket programmet kun området fra svenskegrensen til Egersund. Områdene på Vestlandet ble tatt inn igjen i programmet fra 2005.

Programmet skal årlig gi informasjon om siste års status for miljøtilstanden i vannmassene og i organismesamfunnene. Utviklingen over tid beskrives også. Mulige utviklingstrender i materialet og likheter og ulikheter mellom de forskjellige geografiske områdene kommenteres spesielt de år en har grunnlagsdata til å gjøre dette. Utviklingstrendene blir da vurdert i forhold til påvirkningsfaktorer som variasjoner i klima og endringer i næringssaltkonsentrasjoner (som blant annet kan være et resultat av utslippsreduserende tiltak). Tiårs-sammendragsrapport kom høsten 2002.

Programmet ledet til at man i 2004 gjorde en bredere kartlegging med henhold til utbredelse av sukkertareskog på Skagerrakkysten. Resultatet av undersøkelsen var nedslående. Dette førte til at Miljøverndepartementet bestemte igangsetting av Sukkertareprosjektet som ledes av Klima- og forurensningsdirektoratet i samarbeid med Direktoratet for naturforvaltning (DN).

Hydrografidata fra programmet leveres til ICES (Internasjonal havforsker forening)  som en del av arbeidet i OSPAR (Oslo-Paris kommisjonen). Data levers også til EEA (Det europeiske miljøbyrået) og som deler av grunnlaget for nasjonalt nøkkeltall.

Kystovervåkingsstasjoner: Kart over kystovervåkingsstasjoner i regionene A, B, C og D. (Stasjonsnummer uten markerings­symbol er ikke med i programmet i 2007)