Forurensningen stammer hovedsakelig fra utslipp fra magnesiumfabrikken på Herøya. Langtidsovervåking av miljøtilstanden i fjorden viser at dioksinnivået i fisk og skalldyr fremdeles holder seg stabilt høyt over akseptable nivå.

Det langsiktige forvaltningsmålet for fjordene i Grenland er at forurensende sedimenter ikke skal hindre allmennhetens bruk (rekreasjon og friluftsliv) og næringsutnyttelse av fjordområdene. Dette innebærer en ambisiøs målsetning om å få opphevet kostholdsrådene og omsetningsforbudet i Grenlandsområdet innen 2015 (Frierfjorden og utenfor Langesund) og 2027 (mellom Brevik og Mølen-Langesund).

Undersøkelser skal nå igangsettes for å avklare i hvilken grad andre kilder som avrenning fra byområder, industri og Skiensvassdraget bidrar til forurensning av fjorden.

Tynntildekking av forurenset sjøbunn utredes og effekter testes for tiden i prosjektet "Opticap" ledet av NGI. Både Grenland Havn og de største industrihavnene i området utreder for tiden om deres aktivitet medfører spredning av forurensning til sjø og om det er nødvendig å gjennomføre tiltak for å hindre dette. Endelige rapporter skal foreligge medio 2011.

Innen utgangen av 2011 skal Fylkesmannen i Telemark gi Klif en anbefaling om tynntildekking er egnet tiltaksmetode for deler av Grenlandsfjordene. Prosjekter bærer navnet BEST; ”Beslutningsgrunnlag for tiltaksmetode tynntildekking”. Resultater fra ”Opticap” er viktige for konklusjonen i ”BEST”. På Klosterøya ved Skien, har Norske Skog Union undersøkt miljøtilstanden på land og i vann. Tiltak for å hindre spredning av forurensning fra land til vann skal gjennomføres samtidig som eventuell spredning skal overvåkes noen år fremover. Tiltakene i vann skal sees i sammenheng med andre utredninger i Skienselva som skal gjennomføres de neste årene.

Grenlandsfjordene. Kart: Klima- og forurensningsdirektoratet. (Klikk på bildet for stor versjon.)